Sulla fondazione della chiesa non è stata fatta ancora chiarezza, si oscilla tra il 1080 e il 1091.Sulla scorta della notizia riguardo la sua consacrazione si pensa però che la chiesa risalga al XIII secolo. Colpita durante la seconda guerra mondiale, della cattedrale si salvò solo il presbiterio e il campanile ma fu presto ricostruita e consacrata nel 1948. Boiano fu diocesi fino al 1927 anno in cui la diocesi fu trasferita a Campobasso.