La dinastia dei De Molisio

Con l'avvento del Cristianesimo Bovianum divenne sede di diocesi e note su suoi vescovi sono attestate fin dall'inizio dell'Era Cristiana.Bovianum seguì le sorti dell'impero di Roma e fu travolta dalla rovina causata dalle guerre Gotico-Bizantine nell'Italia Centro Meridionale del V e VI secolo. Una certa rinascita si ebbe dal VII secolo, quando le terre bojanesi, allora sotto l'influenza longobarda ma praticamente disabitate a causa della devastazione bellica, vennero concesse ai bulgari di Alzeco. Bojano divenne sede di guastaldato col nome di Hovianum e ricominciò ad influenzare una certa influenza sulle zone limitrofe.

Tra l'VIII e la metà del IX secolo però un nuovo periodo buio fu caratterizzato dalle frequenti incursioni di Saraceni (la cui presenza è documentata anche durante la campagna che portò alla distruzione del monastero di San Vincenzo al Volturno) e due terremoti che distrussero l'area Matesina nell'847 e 853.A metà dell'XI secolo Bojano venne conquistata dalle armate Normanne degli Altavilla e ne divenne feudatario un compagno d'armi di Roberto il Guiscardo, Raoul de Moulins, che italianizzò il proprio nome in Rodolfo de Molisio che ebbe due figli: un maschio ed una femmina. La figlia del Conte Rodolfo de Moulins, Aldruda de Moulins, va in sposa a Sarlo II d'Altavilla. A Rodolfo de Moulins si deve l'edificazione (o riedificazione) dell'attuale cattedrale di Bojano e la fondazione della contea.

Fu in questo contesto che Bojano diede origine al nome della regione Molise. La sua stirpe infatti allargò i confini della contea fino a raggiungere quelli grossomodo dell'attuale regione Molise e divenendo la più grossa contea del regno normanno in Italia. Il titolo di conti di Bojano fu sostituito da quello di conti di Molise dal nome della dinastia. Il nome rimase anche quando la dinastia si estinse. Nel 1266 ne diveniva titolare Amerigo de Sus. I Capuano vi giungevano nel XIV secolo. Vi si alternavano quindi i Pandone, i D'Artus e nuovamente i Pandone. Nel XVII secolo il centro rientrava nei possessi dei Carafa. Ultimi titolari ne sarebbero stati i Filomarino.Ai De Molisio si deve il castello di Civita, da cui governarono la contea, e parte delle fortificazioni (in parte erano preesistenti) del borgo medioevale.

Dopo la centralizzazione voluta da Federico II di Svevia, che ereditò dalla madre Costanza d'Altavilla il regno Normanno, il ruolo dei feudatari locali decadde e Bojano seguì la storia del Regno attraverso le dominazioni successive degli Svevi, Angioini, Aragonesi, Borbone, napoleonici, ancora Borbone, Piemontesi fino a quella della dittatura fascista. Alla proclamazione della Repubblica, anche in seguito alle devastazioni della Seconda guerra mondiale, le fu preferita Campobasso come capoluogo di regione.A partire dall'unità d'Italia, in seguito al peggioramento delle condizioni socio-economiche, Bojano è stata soggetta forti correnti di emigratorie verso il Nord Europa, le Americhe, l'Australia.

Si ricordano numerosi terremoti (il Matese è zona altamente sismica) che più volte hanno raso al suolo l'abitato, in particolare quelli del 1309, 1349, 1456, 1627, 1688, 1794, 1805, 1913.